我的ISE版本是ISE12.1，ModelSimSE版本是6.5f。
       这里不讨论ISE和ModelSimSE的安装问题，具体安装问题论坛都有。
       为什么使用ISE12.x版本，该版本较之前的版本有比较明显的变化，详细见
703-1140-ppt-ise12shejitaojianlongzhongfabu.pdf(629 KB)
      为什么使用第三方仿真软件，这个问题其实很简单，因为我找了半天试图先用下ISE12自带的仿真软件，可惜没有找到，索性不用了，直接使用第三方软件，相信有过经验的人本来就怎么用ISE或者Quartus自带的。
      分三个步骤讨论在ModeSim SE中指定ISE12.x的仿真库。并附上我的步骤图片（提醒：需了解常用的CMD命令），其中我使用的是《Xilinx ISE Design Suite 10.x FPGA开发指南.逻辑设计篇》书中的命令步骤，即ISE10.x和ModelSim6.3d，根据命令提示修改命令实现。
      第一步：
      单击“开始/运行”按钮，输入CMD命令，打开MS-DOS窗口

 
      执行下面命令
      "cd C:\Xilinx\12.1\ISE_DS\ISE\bin\nt"
      其中，C:\是我的安装目录，用户需根据自己的目录来修改命令（我比较啰嗦忘大家见谅）

      再执行下面命令
      "compxlib -s mti_se -f all -l all -o C:\modeltech_6.5f\Xilinx_libs -p C:\modeltech_6.5f\win32"运行
      其中，"C:\modeltech_6.5f"为ModelSim软件的安装目录
       修改命令
        "compxlib -s mti_se -arch all -lib all -o C:\modeltech_6.5f\Xilinx_libs -p C:\modeltech_6.5f\win32"运行

       再修改命令
       "compxlib -s mti_se -arch all -lib all -cfgopt C:\modeltech_6.5f\Xilinx_libs -p C:\modeltech_6.5f\win32"运行

       待命令执行完，其运行时间较长，用户不要中途中断。
       总结可得，进入MS-DOC窗口中，进入ISE的根目录bin\nt下，执行ModelSim脚本命令
 "compxlib -s mti_se -arch all -lib all -cfgopt C:\modeltech_6.5f\Xilinx_libs -p C:\modeltech_6.5f\win32"
       第二步：
       在Xilinx本地库编辑成功后，在相应的目录下，会自动生成modelsim.ini的文件（下图中选中文件）

文件内容

用任何一个文本编辑器将该文件中Library目录下（除others以外）的内容添加到硬盘上相应的另外的ModelSim安装目录下同名"modelsim.ini"文件中的相应Library位置，即修改图中文件

修改后如下

         第三步：
         进入ISE主界面，单击Edit菜单，选中下拉菜单中的Preference选项，再打开Intergal Tools选项卡，重新指定ModelSim可执行文件即可。退出所有软件，以后再对Xilinx的设计进行仿真都不需要进行库的处理了。

一劳永逸！